А нет ли у Вас модуля для пересоздания миниатюр изображений товаров? В php.ini max execution time = 10000, а memory_limit 1024M, но все равно после 1-1,1 минуты 500-ая ошибка...
Если такого модуля нет, то какой вариант остается? На локалке переделывать? (проблема связана с переходом с Warehouse 2.3 на 3.1 )) )
Это похоже на то, что на сервере стоит nginx. Соответственно, у него выставлен таймаут на 60 сек. И в случае, если он не получит от Apache что нибудь за это время, то после 60 сек выскакивает 500-ая ошибка.