да - можно и редиректами в таком случае
а база заказов и зарегеных за это время юзеров?
если при настройке сайта правились оригинальные файлы, а не оверрайды - то это плохо для будущего
лучше сейчас навести порядок и сделать всё как надо, чем потом кусать локотки )
Юзеров импортирую через менеджер, заказы - нет. Некрасиво, но не смертельно вроде бы.
Скопировать измененные модули в themes/тема/modules, а контроллеры в override/controllers? А оригинальные вернуть в первоначальное состояние? Этого достаточно будет для восстановления порядка? )