Т.е. Вы хотите сказать, что разместить в каталоге мультилинк = попасть под подозрение поисковиков? Если следовать Вашей логике, ip для ссылок мультилинка одинаковый, понятие "сабмит" в яндексе, как мне кажется, отсутствует - просто есть ссылка или несколько ссылок на странице - вот и все, что интересует яндекс. И я не вижу разницы, разместить ли мультилинк со ссылками на один ip или прогнать поддомены по каталогам.
А можно факты в студию? Пожалуйста! А то Вы так расплывчато формулируете, что я, честно говоря, не понял, что за подозрение со стороны поисковиков случилось с Вашими сайтами, к чему это подозрение привело, какие конкретно Ваши действия вызвали это подозрение, и как Вы разруливали ситуацию, сложившуюся с этим подозрением.
Спасибо!