Под debian (есть репозиторий только для Gentoo, Debian, OpenSUSE, FreeBSD), хорош Froxlor (SysCP Fork) (для тех, кому не нравится webmin-virtualmin), но там нужно для первоначальной настройки служб (например, чтоб фтп сервер с mysql корректно работал) прописывать нужные конфиги вручную, панель лишь дает инструкцию пропишите для такой-то службы (apache, например) в такой-то файл такие-то данные, для другой службы (pureftpd, например) такие-то данные и т.д.
Еще говорят ISPConfig неплоха, но мне не очень понравилась.
Kloxo криворуко написана, ispCP Omega (VHCS Fork) говорят тоже. Webmin интерфейс вообще никакой, да и держать открытый в мир панель, работующую под root-ом ссыкотно.