Тут не просто переустанавливать нужно будет, но и полностью сносить базу и каталоги - проверяются данные в базе и время создания. Соответственно, данные только через выгрузку/загрузку переносить, а это повлечет за собой смену id элементов (если, конечно вы не используете чпу с символьным представлением). Так что в этом смысле битрикс защищен. Но самая лучшая защита, это поддержка лицензионной копии + все обновления, которых выходит очень много и очень хорошо расширяется функционал.
На любых серьезных проектах, которые приносят деньги, Битрикс вполне себя окупает и говорить что он стоит безумно дорого не приходится.