Во первых, эти коментарии никоим образом не влияют на работоспособность вашего сайта, они просто игнорируются сервером.
Во вторых, вполне возможно, что тот кто их закоментировал - сделал это с перспективой в дальнейшем раскоментировать и использовать на сайте.
Но если вам очень нужно удалить - регулярные выражения и пакетная обработка в помощь. Обьясню на своем примере (мне нужно было более 300 файлов перелопатить, обрать одно, добавить другое или просто заменить).
Я скачал все файлы на комп и открывал каждый отдельно редактором кода Blue Fish (он для Linux, но и для винды кажется тоже есть). В окне поиска указывал что найти (например у меня было <item>) программа находит и подсвечивает 5000 совпадений, потом в окне поиска перехожу в расширенные настройки и указываю "заменить найденное на <p>"/ Жму ok и в течении нескольких секунд все заменяется. В вашем случае между тегами есть какойто произвольный текст, чтобы редактор вас правильно понял - используйте регулярные выражения.
Если не хотите скачивать и перелопачивать все файлы - попробуйте total comander - он умеет искать код в документе прямо через ftp/ Но я с ним не работаю - потому не смогу подробно обьяснить что за чем нужно делать.
