Если вы откроете договор который использует яндекс касса, то сейчас там стоит что они не агент, а "оператор" который оказывает услуги по приему денег , вот скрин пункта договора яндекса: Для просмотра ссылки ВойдиВы заблуждаетесь. Яндекс мани - платежная система, а вот Яндекс.Касса это всеж агент. Этот агент так же как и рбк берет комиссию.
слово агент там вообще нигде не присутствует, а значит обязательства выдавать чеки ложится на продавца. А вот скрин (вариант для ИП) "договора присоединения, Для просмотра ссылки Войди

так что, скорей всего, придется индивидуальную кассу ставить на инет магаз. Ну есть другой вариант, переходить чисто на курьерскую доставку, тогда на них переложится эта функция с кассой, а потом на р\с они вам будут отправлять деньги, расчеты юр.лицо-юр.лицо не требуют наличия онлайн кассы.