Влияет ли зона домена при индексации.

[fory]

нет не влияет на индексацию

 

[Crucifer]

Есть такое понятие как первоначальная индексация.

У Яндекса при ней есть приоритет доменов ru и предполагаю, что и сейчас рф добавили.
А вот последующие переиндексации сайта будут уже зависеть от вашего сайта, ссылок на него и прочего, но никак не зоны домена.