Региональную принадлежность Яндекс хорошо определяет и по адресу фирмы на сайте.
Очень сомнительное утверждение. Здесь скорее всего играет роль региональность ссылок на этот сайт. Очевидно, что на сайт ярославского ресторана будет больше ссылок с местных сайтов уже присутствующих в Яка, чем к примеру с московских сайтов.
Каких либо проблем с этим, у сайтов не описаных в каталоге Яндекса не замечал, так же и преимуществ в региональной выдаче сайтов из каталога Яши.
Преимущества есть! Объясняю на примере.
Рассмотрим вот такой региональный поиск по Казахстану:
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся (можно было взять любой другой уникальный текст с этого сайта)
Видим на первом месте сайт arba.ru. Обратите внимание, что сайт в зоне ru и на сайте нет казахстанских контактных данных.
При поиске по России Вы этого сайта не найдете:
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся
И это не смотря на то, что автор сайта находится в Москве -
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся (в Яка сайт называется: '"Арба" - авторский проект Аэлиты Жумаевой').
Почему так происходит? - правильно, потому, что сайт соответствующим образом описан в Яка:
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся
Следовательно преимущества у сайтов из Яка в региональной выдаче есть!
Посмотри сколько страниц каталога Я. в индексе поиска
Яндексу совершенно не обязательно индексировать собственный каталог, чтобы давать дополнительные плюсы в поиске сайтам описанным в нем