Есть известный эксперимент когда чел,делал сайт на сабдомене и спамил его и он благополучно уходил в бан,но сам домен оставался в индексе,и когда он делал нормальный сайт на сабдомене, а в корне спамил страницы,тогда всё уходило в бан и саб и домен,отсюда вывод если нет ссылки на саб,то этот сабдомен будешь считаться отдельным сайтом.