Скорее всего проблема с донорами.
Обычно ссылки работают следующим образом:
1) Попадает в индекс ПС, т.е. если был уникальный анкор, а на сайте нет такого вхождения слов то наш сайт ищется по НПС (найден по ссылке)
2) Через некоторое время 30-60 дней ссылка дает более существенный вес и сайт поднимается по нашему уникальному анкору еще выше.
Если сайт после первого пункта не ищется по НПС, то либо сайт донор, либо страница сайта, либо область страницы заключена в НЕПОТ фильтр (более подробно об этом фильтре можно почитать в Мадридском докладе)
Таким образом можно проверять доноры. На самом деле там много нюансов, но основное я рассказал.