Пробовал использовать шифрование в убунту. При установке системы указал что хочу использовать криптосистему. В общем когда я захотел поменять пароль пользователя - вся система навернулась, зайти под пользователем я мог, но вот новый ключ не подходил к шифрованному разделу. Шифроваться на уровне ОС не советую. Лучше и проще использовать TrueCrypt.
Насчет парней из гос. структур могу сказать лишь одно - каждый год проводится куча состязаний/олимпиад/конкурсов/грантов в которых принимают участие куча докторов наук, тех же парней из спец. служб, будущих хакеров и т.д. И все они испытывают на прочность различные алгоритмы шифрования. В общем если коротко - AES 256 сохранит ваши тайны. На сегодняшний день использовать этот алгоритм считается не законным во многих странах, в России в частности. Очевидно именно из-за его стойкости. Другое дело если подключат ресурсы нескольких стран, например какой-нибудь кластер из суперкомпьютеров - тогда можно будет просто перебрать брутфорсом.
П.С. Но есть одно НО - терморектальный криптоанализ никто не отменял. Так же как и криворукость пользователя. Используйте длинный и сложный мастер-пароль и несколько файлов-ключей (это можно сделать с TrueCrypt) и спите спокойно.