Если вы можете при помощи поисковой оптимизации вывести ваш магазин в топ по высокочастотным запросам то вы гений.
Я на спор выводил в топ-3 яши один из товаров путем грамотной перелинковки и легкой оптимизации, пускай товар и не входил в ВЧ запросы, но это простейший пример что внутренняя оптимизация должна иметь место на сайте.
Внутренняя оптимизация магазина ничем не отличается от оптимизации любого другого ресурса, в том числе перелинковка, заголовки, альты к картинкам, тайтлы в ссылках, правильно заполненные и сформированные метатеги, в особенности title страницы и наиболее точное вхождения его в заголовки h1 и т.д., в совокупности с внешними факторами, то есть внешней ссылочной массой получаете хорошие позиции.
Хорошие позиции в ПС приведут потенциального клиента, следовательно дальше его нужно не упустить )
Потенциальные клиенты зашедшие на сайт должны сразу попадать на страницу с товаром, который его интересовал, следовательно речь идет о релевантности страницы с товаром, как добиться этого - материалами по данному вопросу завалено половина рунета.
Следующий важный фактор - юзабилити, то есть внешний вид, интуитивно понятная навигация, информация о магазине, доставке, оплате, простой и интуитивно понятный способ оформления заказа.
Далее можно было бы пофлудить на тему скорости обработки заказа, общения с клиентом и прочее, что поспособствует повторному возвращению клиента, но это уже не относится к SEO