- Есть готовые комплексы по защите файлов на сервере.
- Сначала я бы стал ломать БД, потому как только так более эффективно можно получить доступ к файлам, а втупую со стороны, если у тебя нету грубых уязвимостей и в коде ты уверен - не стоит заморачиваться этим, а просто шифруй их, ставь права минимальные и все будет гуд. И особое внимание запросам к БД.
- Настрой htaccess так, чтобы пользователь имел доступ только к тому, что ему необходимо. Например, если весь сайт запускается через одну точку входа(index.php),то к остальным пхп-файлам можно закрыть доступ.
- Если не используешь файлы swf, js, php5 и тп, лучше запретить к таким доступ извне.
- В каждой папке создай пустой index.html. Это для того, чтобы если кто-то попробует зайти в папку, он увидел пустую страницу, а не перечень всех файлов (при дефолтных установках)