Все очень просто, яндекс не может скушать за один заход такое количество страниц ваших сайтов, в итоге он кушает какое-то число, а остальное оставляет "на потом", через какое-то время робот снова заходит и опять кушает порцию. Это вам не гугль с его аппетитом, когда свежий сайт индексируется буквально за часы, а не за неделю как у яндекса.