у себя решил следующим образом - раз в неделю идет бекап папки с изображениями.
бекаповский архив сливается в папку со вторым магазином.
создал 1 дополнительную БД товаров.
раз в неделю при помощи пхпадмина копирую БД основного магазина в дополнительную БД.
После копирования удаляю из дополнительной БД все лшние колонки.
Оставляю только колонки отвечающие за отображение продуктов и категорий.
в БД второго магазина наоборот удаляю колонки которые оставил в дополнительной БД.
возвращаюсь опять в дополнительную БД и копирую ее в БД второго магазина.
Все эти действия у меня занимают 5 минут
Можно делать такое каждый день но облом
Итого получается что обновляется база товаров и изображений.
новости, настройки магазина и остальная хрень остается без изменений