посмотрите в оверрайды которые модуль устанавливает, возможно они не удалились с site.com/override. Но и в любом случае старые ссылки работать не будут. Если сайт рабочий и проиндексирован, то отключать модуль уже не стоит, но стоит разобраться в логике формирования ссылок и посмотреть какие редиректы создает модуль. Я в этом не помогу, т.к. подобных модулей избегаю, из-за дальнейших возможных проблем (конфликтов при одинаковых названиях товаров и т.д.), поэтому только смотреть самому и постараться понять логику.