а теперь с точки зрения программиста и системного администратора.
1. Банально не стоит забывать о разной ширине каналов. И если Вы планируете, например, для английской версии сайта привлечение американской, канадской аудитории, а для русского сегмента - аудитория бывшего СССР, здесь стоит закупить разный хостинг и организовать все на уровне поддоменов (каждый в своем сегменте IX). Ибо: чем шире канал, чем меньше задержек и лагов, тем быстрее все это грузится, тем лучше это для СЕО.
2. Можно высказаться за поддомен в случае, когда, например, русскоязычный филиал и англоязычный филиал компании предоставляет разные услуги, региональные пакеты и т.п. Сам делал в свое время одной шведской компании общий корпоративный шаблон, который ставился на разные поддомены в зависимости от мероприятий по интересам. В итоге: стиль - один, содержимое и адреса - совершенно разные. Как и персонал по наполнению.
3. Если вы планируете предоставлять своим посетителям одинаковый набор услуг и информации с обязательным переводом на все необходимые языки, вот как раз здесь и будут большую роль играть подпапки. Яркий пример такого сайта: техническая информация по запчастям для стиральных машин.
4. Иногда стоит на поддоменах организовывать даже мобильные версии сайтов, а не только языковые. И это положительно скажется на сео. Яркий пример: использование технологии Google AMP.