Пользуюсь Prestashop где-то с пол года, довелась и верстку делать и модули самому писать, как по мне структура довольно логична, большой выбор бесплатных модулей оплаты для стран СНГ, практически все можно настроить под себя, огромним минусом считаю отсутствие граммотных модулей фильтров и сортировки (в сообществе есть 2 бесплатных и те допиливать нужно под себя!).
В вопросах безопастости сильно не специализируюсь, но явных дыр в Prestashop за время эксплуатации не обнаружил!
И да, тем кто только переходит на Presta, я бы советовал ждать релиза 1.4 (обновленная версия smarty, большее кол-во интегрированных плагинов, много мелких, но необходимых добавлений), и судя по количеству релиз-кандидатов, финал не за горами!
