ну еще есть крон чтоб смотреть есть ли задания на выполнение в некой таблице заданий и их выполнять. человеку хочеться управлять долгоиграющими процессами через браузер - пусть управляет, только писать сложноЕсть CLI, его для таких целей и создавали.
timeout - действительно изврат, а вот system("php ... очень даже ничего решение