проблема в том что часть базы в другой кодировке.
написать небольшой пхп-скриптик, который всё приведет к utf-8
с помощью функции iconv?
получается такой порядок? загрузить всю базу дамп в sql. и с помощью php функции весь текст перекодировать в нужную кодировку utf-8 без BOM и заменить старую базу новой.
А дальше что нужно сделать? в таблицах изменить collation?