Или два сайта на одну лицензию битрикса, или оба синхронить с 1ской или сервисами типа Мой склад.
И не понятно зачем такое извращение как два инфоблока?
Но раз уже так сделано и ведутся остатки только в одном и надо второй синхронить на основе первого, то писать агента.