Если в каждом урле, на каждой странице, например будет переменная lang, то все будет на ура индексироватсья, а вот если переключалка будет подставлять перменную lang только единожды при клике и дальше считывать ее из куки, то тогда представь ситуацию,
твой сайт по умолчанию на русском языке, заходит юзер-буржуй, перключает язык на английский, ему в куки записывается значение lang=en и он дальше спокойно ходит по английскому варианту и вот ему понравилась статейка , решил он ее на своем блоге ,буржуйском разместить - разметил, далее попалась ссылка боту на глаза и вот он жужа и попердывая ломанулся индексировать твою страницу по ссылке с буржуйского блога и как ты думаеш, какую же он версию страницы проиндексирует ? (ботам куки пох...)