1. Из неудобств модуля Shop нужно указать на недостаточное количество типов свойств. Я имею в виду свойства товаров. Мы дописали и почти всегда применяем такое свойство как "чекбоксы" - свойство множественного выбора.
2. Еще один недостаток модуля Shop - это отсутствие его категорий в карте сайта. Встроенная функциональность карты сайта не отображает ссылки категории товаров.
3. Еще один недостаток - проблемы с ЧПУ (впрочем это во всей АБО наблюдается). Если в разных местах каталога указать одинаковые алиасы для категорий, то они не будут загружаться (иногда за этим трудно уследить, когда добавляешь категории товаров через длительное время после завершения проекта).
4. Очень часто возникает ситуация, когда в выводе в каком-нибудь шаблоне нужно показывать все категории кроме какой-то, или несколько категорий, а остальные не показывать. Пришлось дописать такой формат вывода модуля.
5. Иногда, в сложных каталогах, часть структуры каталога реализуется не с помощью каталога, а с помощью страниц. Например, страница Каталог, ведет на страницы Товары 1, Товары 2, Товары 3. А внутри на каждой странице подключаются ветка каталога (в поле ноль). При такой структуре нарушается работа с "хлебными крошками". Потому что в АБО свои хлебные крошки генерирует ядро системы, а каталог - свои.
6. В каталоге на версии 5.0 была проблема импорта из 1С. При обновлении товаров на сайте импорт обрывался, не помню точно причину, но она была связана с id категорий.
Все остальное, ИМХО, реализовано удобно и функционально.