У меня в винде меню справа, кнопка пуск в правом верхнем углу. Панель инструментов и панель задач получаются очень удобными. Под UNIX (FreeBSD) таже схема, меню справа и вверху. Но это рабочий стол, а не сайт.
На сайтах обычно очень много лишних элементов, реклама, баннеры, блоки ссылок... и получается, что меню надо искать, а ищут его обычно слева, в силу привычки и сложившихся традиций )). И если меню сразу не находят и слева его нет, то получается дискомфорт, останется только попасть на бесполезный контент и можно начинать ненавидеть данный сайт.
Блоги трехколоночники, когда две колонки навигации находятся справа, мне например неудобны, но если есть дублирующее меню верху, то на правые блоки я не смотрю. Блог двухколоночник с меню справа, не так страшен.
Движение мыши в любую точку экрана это 1-1,5 см, поэтому меню в любом углу экрана доступно. Обсуждать здесь в принципе нечего, делаешь так, как считаешь удобным, а там время покажет, у меня есть сайты меню у которых справа, жалоб от пользователей не поступало.