Однозначно - Виртуемарт... Для джумлы лучше еще ничего не придумали, а если придумали, то скажите где, я не видел ни среди платных ни среди бесплатных компонентов. По поводу настроек специфических - согласен, но в целом он логично продуман исходя из того, к чему привыкли пользователи. Возьмите как пример любой из самых известных магазинов... ничего лишнего - вот товар, вот несколько его параметров, вот производитель и цена. Прблемы возникают скорее от желания сделать из магазина движок для каталога товаров. Я сталкнулся с этим и когда начал парится с изменением форм вывода, то обнаружил, что скорее клиент неправ в своей логике формирования корзины, чем та логика, что используется виртуемартом по умолчанию.