Я делаю обычным способом при помощи страницы index.html. Делаю флешку с кнопками (можно создавать невидимые кнопки, думаю вы и так это знаете), разной информацией, логотипом, меню, дополнительными всплывающими окошками итп и вставляю готовый swf с тегом object в index.html. Или делал так, сделал кучу маленьких свф объектов и разместил их на сайте с нужной версткой и дизайном. Но это уже старый век, но все равно работает)
Так же есть разные CMS системы (посмотри MotoCMS), которые позволяют разместить твои мувики на страницу и создать таким образом сайт внутри как бы админки.
Есть еще другие способы, но о них я не знаю)