Если речь идет об установке SEF, то ждать ничего не надо, т.к. старые урлы типа "index.php?option=com_content&Itemid=118&id=72&lang=ru&view=article" продолжают работать. Если они проиндексированы яндексом или другим поисковиком, то они приведут на ту же страницу, что и урлы в новом виде "index.php/Каталог".а если уже установить на готовый сайт, страницы по идее изменятся, и потом нужно ждать переиндексации яндексом?