У меня такой же трабл.
1.Как меняю. В командере ставлю сортировку по дате и смотрю последние изменённые, естестно только их с локалки и перезаписываю на сервер.
2. После того как поработал с магазом на сервере, меняю пароль на FTP.
3. Теперь делаю проще. Захожу в ini файл командера и тупо удаляю логи (зашифрованные пароли только, естестно).
4. Чищу системные папки винды антивирем. Как спастись от трояна не знаю. Фаервол его не палит, каким образом попадает в комп, тоже не известно. Но раз в неделю после чистки прописывает зловредный код на серваке, тыря пароль с командера на ftp. Поентому вижу только 2 варианта. Менять пароль ftp сразу после его посещения. Либо чистить логи командера...