Вообще, насколько я знаю XML шаблона для Joomla показывает куда установить (с каким названием), как называть шаблон и каие у него параметры. Соответственно я бы менял только эту часть:
<name>MyName</name>
<version>1.2.0</version>
<creationDate>12/26/07</creationDate>
<author>me</author>
<authorEmail>me@me.com</authorEmail>
<authorUrl>http://www.me.com</authorUrl>
<copyright></copyright>
<license>GNU/GPL version 2</license>
<description>Моё описание...</description>
(напомню - изменения в XML-файле)
Всё что в тексте ниже - можно не трогать, если не планируете удалять шаблон.
Есть ещё момент, что name (название шаблона) не должно повторяться, иначе увидите только оодно из названий.
А вообще, обычно для манипуляции с шаблонами достаточно dreamweaver-a.
Оооооочень удобный поиск/замена как внутри скриптов по всему сайту, так и конкретных элементов, тегов, слов в конкретных директориях.
В этом смысле и Total и Grep отдыхают.
У Dream-a в поиске есть понятье "Тег", "атрибут", понимает автоматом кодировку файл и т.д.
Главное правильно завести проект с сайтом... Но это уже другая сказка...
А по поводу определить свои скрипты - поддерживаю. Будет цель - выявить не сложно...
Особенно если руками никто ничего не переделывал.