Я часто с таким сталкиваюсь. Недавно, к примеру, пришлось вручную перекодировать таблицу для jEvents, в которой кодировка оказалась swedish_ci (latin1) вместо utf8_general_ci. Другой заказчик недавно импортировал в базу "Джумлы" контент из "WordPressa" и, несмотря на выставленный в базе utf8, реальной кодировкой оказалась все та же latin1. При этом нужно быть готовым к тому, что в таблице базы данных отображается правильная utf8, но текст все-таки выводится крякозябрами. Простая перекодировка не помогает, приходится решать вопрос прогоном через binary. Причин неправильной кодировки может быть много, и хорошо, если дело решается лишь перекодировкой установочных файлов.