У меня тоже проблема схожая. Сделал СДЛ сат. после первого апа яндекс проиндексировал главную, после второго главная выпала из индекса. Прогонял по каталогам и эдурлил.
обновляй контент, уникальный, и со временем попадеш опять в индекс, + пиши с супорт усердно пиши)