Обычно exe-файл с флешом имеет очень простой формат: сначала код автономного плеера, потом к нему дописан собственно сам swf. Узнать начало swf можно по буквам 'CWS' - это сигнатура запакованного swf-файла (возьмите любой swf и откройте в текстовом редакторе - он будет начинаться с этих букв).
Но есть маленький ньюанс: эти же буквы CWS встречаются несколько раз и в теле плеера, и могут также быть и внутри swf. То есть надо еще смотреть, чтобы
a) 'CWS' начинался строго с границы параграфа (позиция от начала файла в 16-ричном виде должна заканчиваться на 0)
и б) перед ним шли нули, для выравнивания до этой самой границы.
После того, как нашли начало, просто удаляйте все символы перед ним и сохраняйте как swf. Если не получилось - значит неправильно определили начало, значит находим другие символы CWS и пробуем еще раз.