Я правильно понял, что у тебя две БД, заполненные и ты хочешь структуру первой перенести во вторую БД при этом сохранив данные в ней?
Средствами phpMyAdmin так не сделать. Тебе надо сначала экспортировать структуру из первой БД, импортировать в новую пустую третью. потом сторонним скриптом считывать данные из второй, преобразовывать их под нужную структуру и записывать в новую.