в итоге пришлось вручную править все неоткрывающиеся ссылки, заменив _ (нижнее подчеркивание) на - (дефис). Возможно эту ошибку исправили в версии 3.1.1, но уверенности, что это была именно она у меня нет
На официальном сайте в чейндлоге по докман написано в версии 3.1.1
- fixed - 404 issues in frontend for documents/categories with long aliases