Битрикс офигителен своей универсальностью, хочешь чтобы был "конь в яблоках" - будет "конь в яблоках". Грамотный разраб сможет практически стандартными средствами из него сделать конфетку не только снаружи, но и внутри в админке. Но при относительно небольшой нагрузке без оптимизации (выше уже советовали) это все начинает тупить.
ИМХО, реальных альтернатив Битриксу в стандартном функционале нет.
С другой стороны можно взять любой более-менее подходящий по функционалу скрипт магазина (presta,webasyst,opencart и т.д.) и создать на его базе то что нужно именно вам и зачастую гораздо дешевле чем на битриксе. Просто выбор скрипта магазина должен быть реально осознанным, чтобы не получилось что взяли который больше понравился админкой, а потом оказажется что внести изменения в форму регистрации практически не реально без того чтобы не перебрать пол движка (в одной из веток был пост про австралийский скрипт у которого чтобы изменить поля в форме регистрации рекомендовали перелопатить ну очень много файлов).
Т.е. чтобы вам посоветовали альтернативу вашему магазину на битриксе вы должны как минимум сформулировать свои требования к магазину, потому как на битриксе можно делать и страшное уг и вполне нормальные магазины (примеры выше, например тот же мтс).
ЗЫ: сорри за многа букав