Опять-таки, с лихвой Битрикс окупится только в случае больших проектов. Если магазин новый и вливаний в него нужно как можно меньше финансовых на начальном этапе, то битрикс - плохой вариант. А не зная его управление, можно его, как максимум, повалить навзничь, и уже тогда раскошеливаться на дорогого битрикс-программиста.
Из плюсов битрикса отмечу, что у него хорошая интеграция с 1С, да и действительно, эта платформа имеет кучу всего (надо отметить, что тоже платного, то есть за каждый чих).
Joomla сложна в прикручивании, зато раз и навсегда, так сказать.
По поводу заточки под интернет-магазин да, тут сложно сказать в пользу Joomla. Однако, по мне так лучше купить платформу и на неё прикручивать нужное, чем купить пакет со всем на свете и отключать потом из него ненужные функции, которыми я никогда не буду пользоваться. Да ещё и платить за этот пакет ежегодно.