Это обсолютно нормально. Яндекс в сотни раз уступает google. Знаете такую шутку....яндекс: найдетсявсё! гугл: уже все найденно!))))))) В этом случае хорошо помогают платные твиты, с хороших аккаунтов.
Моему сайту уже год, примерно 3000 страниц, в индексе гугла - все страницы, в индексе яндекса - 48, каждые 2 недели в индекс яндекса попадает 2-3 страницы, но при этом с хорошими показателями по ранжированию, даже что-то в топ попадает... так что в Вашем случае, можно сказать что все хорошо, со временем, когда будет расти возраст домена - ситуация должна исправиться.
