Как правило, при деактивации, плагин вычищает свои изменения и можно удалить папку плагина.
W3 Total Cache вносит еще изменения в .htaccess и в wp-config.php,
эти файлы могут быть защищены другими плагинами и быть источником проблем при удалении.
Если плагин нормально деактивировался и вопрос только в удалении то:
1. В файле .htaccess в корне сайта смотрим наличие строк
# BEGIN W3TC Browser Cache
# END W3TC Browser Cache
и если они остались, то удаляем всё между ними, включая их.
2. В файле wp-config.php в корне сайта удаляем, если остались в заголовке файла
строки:
/** Enable W3 Total Cache */
define('WP_CACHE', true); // Added by W3 Total Cache
3. В папке ../wp-content
удаляем папки:
cache и w3tc-config
и файл advanced-cache.php
4. Удаляем папку самого плагина
../wp-content/plugins/w3-total-cache
В базе данных своих таблиц он не создаёт.
Только использует wp_options.
Всё.