Для начала определитесь, какую CMS вы собираетесь использовать, т.к. везде все по разному.
Если вы новичок, рекомендую рассмотреть Джумлу.
В общем случае (практически для всех CMS), нужно сначала сверстать шаблон (желательно вручную) и в нем определить, какие элементы должны присутствовать на всех страницах вашего сайта, а какие - меняться.
Места, которые должны меняться, делайте местами под модули.
Кроме этого, определите место вывода основного контента.
Для Джумлы есть соответствующий раздел форума, читайте там.