Что вы понимаете под совместимостью? Обозначьте свою задачу и я постараюсь вам помочь. Пока вы используете какие-то умные слова за которыми не наблюдается смысла.
Это два продукта на РАЗНЫХ языках. Одна на PHP, вторая на С#. Базы и Веб сервера (как правило) они тоже используют разные (хотя могут и одинаковые в некоторых случаях).
Архитектура у них ПОХОЖАЯ. Т.е. при проектировании разработчики использовали одни принципы, таблицы в БД названы схожим или одинаковым образом, структура и содержимое компонентов идентичны или хотя бы похожи.
Те же инфоблоки, например, можно выгрузить из одной в другую при желании. Но скопировать компонент из одной в другую не получится - его надо будет переписывать. Язык разный!
Это как ворд под Windows/Linux/MacOS - большинство файлов откроются и даже выглядить будут походим образом. Но плагины, например, от одного к другому не подойдут.