Объясняю подробно и популярно.
Windows - регистронезависимая ОС, Linux - регистрозависимая ОС. Т.е. в Windows слово Qwerty, QWERTY и qwerty - одно и тоже, а в Linux это 3 разных слова. Соответственно если так назвать папки - это будет 3 разных папки на Linux, а Windiws скажет, что такая папка уже есть.
Таблицы MySQL - это файлы и папки на жёстком диске. Т.к. Denwer стоит на регистронезависимой ОС, он пишет всё строчными буквами (так принято когда-то), так же и Totol Comander при заливке через FTP все файлы пишет в нижнем регистре. Это из-за того, что это ПО чисто под Windows и оно не обращает внимание на регистр. Софтина под Linux изначально знает про регистр, поэтому его сохраняет всегда. Именно поэтому нужно пользоваться FileZilla, которая при загрузке файлов сохраняет регистр. Аналогично с софтом под MySQL. Сборка денвера идёт чисто под винду, а надо пользоваться сторонними приложениями, типа Navicat - проблем не будет.
И да, СНОСИТЕ НАХЕР ДЕНВЕР! Ему 5 лет, там всё уязвимое, древнее и разваливающееся... Настроен задницей, а не руками, почему и был заброшен - просто разраб это ***но превратить в конфетку не смог... Используйте современные локальные сервера, например Ampps.