тебе стоит дать права на запись для файла .htaccess.
После этого перегенерить rewrite rules.
Как это делается?
Заходишь в настройки ЧПУ (permalinks), выбираешь первый вариант ссылок, сохраняешь, потом выбираешь свой вариант ссылок, который у тебя стоял и снова сохраняешь.
После этого права на запись у .htaccess можно убрать.
Это связанно с некоторыми оптимизациями WP.
За то, как выглядит URI, отвечает 2 вещи:
.htaccess;
внутренний кэш адресов постов.
При добавлении новых постов, изменении постов, кэш не чистится, но туда постепенно добавляются изменения.
htaccess врядли бы поменялся при откате версии. А вот кэш при восстановлении остался рассинхронизированным с реальным положением дел. То есть, wordpress смотрит в кэш url и не видит там поста, и сразу говорит 404.
Меняя структуру URI, wordpress отчищает оптимизации, связанные с ЧПУ, и строит новую структуру, записывая в свой кэш.