Ну попробуйте переверстать на HTML5 без таблиц, избавиться от ID элементов, где это возможно.
Но я бы не доверял такого рода "аудитам". Например строчка
<li id="menu-item-23" class="menu-item menu-item-type-post_type menu-item-object-page menu-item-23"><a href="
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся">О компании</a></li> - вполне себе валидный html. Например в методологии БЭМ от яндекс количество классов резко возрастает при верстке.
Вот пример кода с сайта auto.yandex.ru
<input class="checkbox__control" value="NEW" name="state" id="filters_state_NEW" type="checkbox" aria-labelledby="labelfilters_state_NEW" autocomplete="off">
Интересно, чтобы такого рода "аудиторы" написали про сайт яндекс? =)
Другое дело - если верстка не валидна. Но должны были указать места, и каким стандартам не соответствует.
По моему вам дурят голову и пытаются вытянуть деньги =)