Оптимизация сайта на любом движке под Яндекс требует одних и тех же операций - это можно найти в нете, инфы куча и тележка.
Что касается самой джумлы - то здесь нужно уделить внимание слабым сторонам движка:
- адресам ссылок, которые часто дублируются (т.е. адреса разные, а контент один и тот же). Вот на это обратить внимание то нужно. Поисковики не любят дуплей
- невозможности настройки мета тегов для категории. Когда создаёшь пункт меню блог категории или раздела, то мета теги у всех таких пунктов одинаковы - это плохо. Болезнь решается установкой дополнительного компонента и плагина, управляющего мета тегами разделов и категорий (их много на официальном сайте)
- карта сайта - хmap и вскармливание хмл файла карты сайта Яндексу.
Всё вышеперечисленное решается одним махом - компонентом sh404sef , но плата за этот инструментарий - минус в скорости сайта, причём при больших посещаемостях просто катастрофический минус (там где более 1000 уников в день).