у меня бывало подобное по следующим причинам
1. когда wp заливал через один аккаунт фтп, а плагины потом заливал через другой аккаунт фтп (в итоге некоторые вообще не появлялись, на некоторых были косяки в работе)
2. когда файлы плагинов почему-то оказывались в виндовсовской кодировке. Пересохранял файлы в кодировке unix и заливал на хостинг.
3. когда файлы плагинов закодированы (вот это было не с WP, но на всякий случай ) - в итоге фтп коммандер заливает в текстовом режиме двоичный код, что естественно ведет к ошибкам.