Маловероятно, что проблема именно в несоответствии валют. Товар в заказе лежит с уже сконвертированной в валюту магазина ценой. Скорее всего были допущены ошибки при настройке платежной системы Яндекс.Касса или в личном кабинете магазина Яндекс.Кассы (например, неверно указан URL для уведомлений), и 1С-Битрикс просто не получает информацию об оплате. Смотрите логи событий после проведения платежей в кабинете Яндекс.Кассы, чтобы установить причину проблемы. Если уведомления кассы доходят до вашего сайта, и проблема в настройке 1С-Битрикс, смотрите Журнал событий в 1С-Битрикс (Настройки - Инструменты - Журнал событий).
А вообще, не стесняйтесь, позвоните в поддержку Яндекс.Кассы. Думаю вам помогут понять, в чём именно проблема, и, возможно, вам удастся сэкономить время. Лично у меня, положительный общения с поддержкой.