Да, на флешке с таким большим количеством мелких файлов становится работать всё тяжелее и тяжелее. Плюс первый раз когда ты в Joomla заходишь, часть данных кешируется в файлы, опять же на ту же самую флешку, поэтому и тормозит неплохо. Второй и последующие разы сайт будет открываться быстрее. В интернете ты этого чаще всего не замечаешь, потому что кроме тебя могли зайти другие и часть данных уже закеширована.