в wass импорт работает только на обновление - если импортируемый товар найден в базе (идентифицируется по артикулу), то информация о нём обновляется из csv. если в импортируемом csv нет каких-то позиций, присутствующих в базе на сайте, то они не будут затронуты.
соответственно, бороться можно двумя способами:
- сдалеть все товары неактивными (ну, например, проставить им всем нулевое количество на складе), и потом импортировать csv - все импортированне товары станут активными, если это приписано в импортируемом файле.
- просто импортировать csv, а в шопе руками поправить незатронутые позиции.
примечания:
1. удалять товары перед импортом не стоит, поскольку в этом случае после импорта у всех товаров будут новые айдишники, т.е. полетит индексация сайта в поисковиках.
2. все дополнительные характеристики импортируются корректно, надо только их правильно прописать.