Ну тогда я бы делал для начала так:
1. Смотрим какое количество оперативной памяти потребляет сам сервер без нагрузки
2. 880-(значение из п.1+10%), результат делим на 10 и накидываем 30-40% т.к. не все сайты будут использовать по максимуму отведенные ресурсы. В дальнейшем если кому-то будет нехватать можно увеличить, но нужно постоянно мониторить среднее использование. Можно ограничить просто как 880-(значение из п.1+10%), но тогда проекты могут начать душить друг друга.
3. Ограничение на CPU и количество запросов имеет смысл менять только после получения хотя бы приблизительного представления о нагрузке.
Получить это представление относительно mysql очень поможет скрипт mysqltuner.pl но статистика должна браться в идеале минимум за 10 дней работы.
4. Ну и постоянно нужно мониторить состояние системы и графики её загрузки чтоб вовремя понять, что начали упираться в планку и выявить причины. Всякие там графики через rddtool помогают в этом.